سال ها بعد از انتشار بازی پرطرفدار “شاهزاده ایرانی، شن های زمان” نسخه دوم بازی یا Prince of Persia 2: warrior within که بیشترین فاکتوری که در آن به چشم می آید خشونت است، منتشر شد. داستان بازی در ادامه نسخه اول پیگیری شده و شاهزاده بازهم به دنبال ماجراجویی خاص خودش می باشد و در این راه هیچ عاملی نمی تواند مانع پیشروی این ایرانی اصیل شود. داستان این قسمت پس از اتفاقات The Sands of Time به وقوع می پیوندد و شاهزاده ما به سرزمین مادری خود بابل برگشته است. اما هیچ چیز آن گونه که باید، پیش نمی رود و با توجه به اتفاقات رخ داده در The Sands of Time مشکلات بسیاری برای او پیش می آید او تحت تعقیب موجودی به نام Dahaka می باشد و جز یک راه، چاره ای دیگر برای خود نمی بیند! او راهی جز رفتن به جزیره زمان که در آن Hourglass of Time ساخته شده است ندارد به همین علت به همراه سپاهیان خود به وسیله کشتی، رهسپار جزیره زمان می شود تا با رفتن به گذشته از ساخته شدن Sands of Time جلوگیری کند.

بدین ترتیب قادر شاهزاده خواهد بود از وقوع اتفاقات نامطلوب در قصر مهاراجه جلوگیری کرده و Dahaka خدای زمان دیگر به دنبال نابودی او نخواهد بود، اما در نزدیکی های جزیره مورد تهاجم عده ای قرار می گیرد و بعد از برخوردهایی که در دموی آغازین مشاهده خواهید کرد، کشتی و همراهانش نابود شده و شاهزاده به تنهایی وارد جزیره می شود. بازی در همان اواسط جنگ با افراد کشتی مهاجم آغاز شده و شما در نقش شاهزاده بازی را آغاز خواهید نمود. شاهزاده به دلیل گشودن شن های زمان محکوم به نیستی و مرگ است…
شاهزاده باید از این مخمصه جان سالم به در برده و همه چیز را به حالت عادی بازگرداند تا بتواند خود را از شر Dahaka نجات داده و او را نابود سازد و ابن گونه سرنوشت خود را تغییر دهد.